A Magyar Udvari Kancellária 1529 és 1848 között az uralkodó székhelyén, Bécsben, illetve 1576-tól 1612-ig, Rudolf uralkodása idején Prágában működött, kezdetben sok vonatkozásban az Osztrák Udvari Kancellária függőségében, majd 1690-től önálló kormányszervként. A Kancellária a fő magyar kormányhatóság szerepét töltötte be belügyi vonatkozásban: az uralkodó elé terjesztette a magyarországi vonatkozású ügyeket és kiadta az uralkodó nevében a rendeleteket, továbbá kapcsolatot tartott az udvari központi hatóságokkal. Nem tartoztak hatáskörébe a pénzügyek, amelyekkel a bécsi Udvari Kamara, illetve a Magyar Kamara foglalkozott, valamint a had- és külügyek, amelyeket a központi udvari kormányszervek intéztek.

A Magyar Kancelláriai Levéltár a regisztratúra iratanyagán kívül néhány kancelláriai tisztviselő irathagyatékát, magyar ügyekkel foglalkozó királyi, illetve rendi bizottságok iratait, néhány idegen provenienciájú, a Kancellárián létrehozott gyűjteményes jellegű sorozatot, valamint az elsősorban a Kancelláriai Levéltárra vonatkozó, 20. században készült főként család- és helytörténeti tárgyú segédleteket foglalja magában.

Az iratok nyelve főként német és latin, kis részben magyar.

A kutatást repertórium, valamint kéziratos lajstromok és mutatók, illetve a Királyi könyvek (A 57 törzsszám), a család- és helytörténeti segédletek, valamint a céhes iratok esetében számítógépes adatbázis segíti.